Европейските учебници по история разказват охотно за жестокостите, извършени от католиците срещу протестантите. Те обаче дискретно премълчават, че в това отношение "еретиците" с нищо не отстъпват на "правоверните". Навсякъде, където протестантите надделяват над католиците, те отговарят със същата монета - преследвания, изтезания, екзекуции, масови кланета.

Особено безмилостно се унищожават свещениците, и на първо място - монасите и монахините. Освен това Реформацията се отличава с вандалските погроми и плячкосване на църковните и манастирските богатства.

Великите реформатори са и велики фанатици. Върхът на всичко е дейността на французина Жан Калвин (1509-1564). В Женева, Швейцария, той организира протестантска общност, в която погълнатата от фундаменталистката му църква държава упражнява върху частния живот на всички граждани наистина всеобхватен контрол, съпоставим донякъде само с тоталитарните режими на ХХ в. Аскет и "обладател на всяка истина", Калвин издига в свещена догма религиозната нетърпимост, като преследва с еднаква свирепост не само католиците, но и всички останали друговерци. Испанският лекар и философ Мигел Сервет успява да се спаси от католическата Инквизиция в Париж, но не и от реформаторската клада в Женева (струпана впрочем от влажни дървета, за да страда жертвата колкото е възможно по-дълго). В духа на същата традиция 12 години по-късно приемниците на Калвин арестуват и хвърлят в затвора Джордано Бруно.

Преди сам да стане антипапист, английският крал Хенри VIII (1491-1547) написва брошура срещу Лутер, заради което Светият отец го удостоява с титлата "защитник на вярата". Макар и причините за това да са много по-дълбоки, личният му мотив да скъса с католицизма и да се самообяви за глава на новосъздадената англиканска църква е отказът на папата да му даде развод с първата от шестте му съпруги. Други две от тях завършват живота си на дръвника. Сред многобройните му жертви е и останалият верен на католицизма Томас Мор. Човек с болна душевност, Хенри VIII вижда навсякъде около себе си католически заговори и прави, каквото е по силите му, в Англия да не остане нито един жив привърженик на Рим. От 1539 г. англиканското вероизповедание е прогласено за задължително със специален закон. Дъщерята на Хенри, кралица Мери, наречена Кървавата, впрочем се опитва (разбира се, пак с екзекуции и репресии) да върне страната към католичеството, а нейната сестра Елизабет I отново обръща страницата към политиката на баща си. Попадналите на Острова йезуити биват избивани без церемонии, а англичаните, които агитират в полза на католицизма или се връщат към него, се наказват със смърт. На онези, които не посещават англиканските служби, се налагат огромни глоби. Католическите жертви на тези двупосочни репресии надхвърлят значително протестантските.

Повсеместно преследване на католиците има във всички протестантски страни - в Швейцария и в Англия, в Германия и Холандия, в Дания и Швеция. Нещо повече: протестантите също се изтребват един друг: например лутераните - калвинистите, и обратно. Прогонените от Франция хугеноти пък злорадстват, че в родината им католиците избиват и янсенистите. Твърде интересно е и решението на събора в Аугсбург от 1555 г., когато водачите на протестантите и на католиците от Свещената римска империя на германския народ се споразумяват, че легалната религия в съответната държава от империята се определя от вярата на управляващия я крал, курфюрст или граф. Наистина доста странна представа за свобода на съвестта.

XVII в. също не донася нещо качествено ново. В Англия Стюартите гонят противниците на англиканската църква. В Дания и Швеция преследват калвинистите, а в немските държавици гуша за гуша се хващат католици, лутерани и калвинисти. При Оливър Кромуел започват тежки репресии срещу католическа Ирландия, първата колония на Англия. На онзи, който издаде на властите католически свещеник, се плаща точно толкова, колкото и за убит вълк. С течение на времето в Ирландия се преминава към системен, индустриален по мащабите си геноцид, раните от който не са зараснали и днес.

Но кладите, ешафодите, бесилките, подземията за изтезания, терорът, шпионирането, конфискациите, преследването все пак засягат донякъде ограничен брой хора. Много по-жестоки са резултатите от религиозните и граждански войни, които се водят със смразяващо зверство както от католици, така и от протестанти - във Франция, Нидерландия, Германия, Англия и т. н. В интерес на истината обаче трябва да се отбележи, че най-незавидна слава си спечелват шведските и швейцарските протестанти.

Изключително кръвопролитни са взаимните кланета на протестанти и католици в Централна Европа по време на 30-годишната война (1618-1648). Най-пострадала от военните действия, глада, епидемиите, репресиите и принудителната емиграция е Чехия. Ако в началото на XVII в. чехите наброяват 4 млн. души, то пет десетилетия по-късно населението на страната намалява на 1 милион души.

В продължение на два века идеята за толерантността, която вълнува разума и сърцата на толкова светли умове, остава напълно непостижима в практиката. Като начало на големия прелом кой знае защо се сочи Нантският едикт (1598 г.) на френския крал Анри IV, който прогласява търпимост към хугенотите, макар и религиозните войни да продължават и по-нататък, а самият едикт да е отменен от неговия внук Луи XIV, краля Слънце. В действителност в онези времена Западна Европа така и не достига до истинската религиозна търпимост, характерна за страни като Полша, Трансилвания и... султанска Турция.

Френските хугеноти стават пълноправни граждани на страната си едва през 1787 г., а английските католици - през 1829 г. В Швеция католиците "стават хора" чак през 1849 г.